在经历“药监反腐风暴”后，国家食品药品监督管理局(以下简称“国家药监局”)机构调整以重塑内部制衡机制起步。9月3日，国家药监局“三定”方案正式对外公布。除和卫生部厘清食品安全监管职责外，国家药监局机构调整方案中，欲突出分权制衡理念：药品的受理、审评、审批三个环节链条分属在不同内设司局，并把部分职能下放技术中介组织。 
       当国家药监局“接过”原属卫生部的“餐饮业等食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监管”职责后，也完成了责权统一的调整目标。9月3日的发布会上，国家药监局新闻发言人颜江瑛表示，国家药监局机构改革体现了决策、执行、监督三权相互协调和相互制约的改革要求。这首先表现在机构设置方面。如国家药监局有项重要的职能，即对药品的研制、生产、经营、使用和药品安全进行监管。而这个监管就涉及到四个环节即药品的研制、生产、经营、使用。颜表示，这次机构调整，把原来在生产环节的一些工作放到了市场司，“这领域的职能权力和责任在一个部门，权责统一，相互协调。”责权对等后，权力还需要制约。如根据国家药监局机构方案，在下一步的详细内设司局处室职能设计上，药品受理、审评、审批三个职能不会集中在一个部门，要进行分权。再如，新设食品许可司专职食品、化妆品、保健品审批，而相关监管分别在另外司局中，即食品安全监管司和稽查局。“今后不是‘搞定’一个人就行了。”颜江瑛笑喻这种改变。
      同时，分权还体现在权力下放中。按方案显示，今后药品和医疗器械技术审评工作将下放到下属事业单位，国家药监局作为政府机构不再具体承担。如国家药监局的药品和生物制品检定所、药典委员会、药品审评中心、医疗器械审评中心等。对于加强这类事业单位权力监管和制约，颜表示，国家药监局会加强完善包括社会监督在内的各种监督机制。除食品安全监管外，国家药监局机构调整方案中，另一个引人注意的看点是，保健品审批和监管统一到了该部门。按现行管理法规规定，国家药监局是保健品审批的职能部门。如在2005年7月1日起施行的《保健食品注册管理办法(试行)》第四条规定“保健食品注册，是指国家食品药品监督管理局根据申请人的申请，依照法定程序、条件和要求，对申请注册的保健食品的安全性、有效性、质量可控性以及标签说明书内容等进行系统评价和审查，并决定是否准予其注册的审批过程。”但在现实中，由于卫生行政部门具有保健品监管职能，因此，造成一种现象——药监部门认为“我没批准，不归我管”，而卫生部门则认为“不是行政许可，与我无关”。
    由于历史原因，目前保健品市场上有两种批准文号同存。一个是卫生部批准的“卫食健字”(2003年前)，另一个是国家药监局“国食健字”批准文号。除了上述两种批文，保健品批号至少存在5种表述方式。由于两部门相关信息不通畅，卫生监督执法人员“不懂”药监部门批文的产品，反之亦然。“下一步会重新理顺保健食品批准文号。”颜江瑛称，国家药监局全面履行保健品审批和监管职能后，首先要做的是对许可、审批进行规范，如加强批号管理，对其进行重审评及再评价，对存在隐患的批准文号进行撤销。审批监管统一到一个部门，上述两个问题有望得到解决。如随着保健品相关法规不断调整，重新规范批文，可能使得企业在产品命名、研发、产品种类调整方面出现改变。相比之前，目前保健品在功能表述上有了很大变化。如果按照新的规范，所有渠道必将水流成渠，那么保健品行业也将面临一场大的变革。